Ils disent à un moment que des tas de trucs sont tombés du vaisseau. Peut être que l'un ou plusieurs de ces trucs contenait des armes

Ben peut être que justement, le premier stade c'est les armes, et ils cherchaient le moyen de les manipuler eux même. Et c'est peut être pareil pour toute technologie alien : en général il faut soit même être un alien pour l'utiliser.
D'ailleurs, Vikus n'a pu utiliser l'amure robot seulement parce qu'il était en partie alien.
Quant au vaisseau en lui même, le démonter serait trop cher et trop dangereux, et rien ne dit qu'ils ne l'ont pas déjà inspecté de fond en comble, et on en revient à l'étude des armes

Explications plausibles pour le naufrage du vaisseau sur Terre:

Ces aliens d'après les études réalisées sont une forme de vie intelligente qui est structurée à la manière d'une ruche.
Une grande masse d'ouvriers à l'intelligence peu développée encadré par quelques aliens spécialisés comme les reines des abeilles.
On peux supposer que ces aliens communiquent entre eux par des système complexes et deviennent intelligents lorsqu'ils sont en grand nombre.
Mais si ils sont frappés par une maladie qui incapacite leurs facultés de communication, ils deviennent un groupe d'individus hagards à peine capables de survivre et totalement incapables de maintenir en marche un vaisseau spatial.
Si le vaisseau est si grand en contient un million d'alien, on peut penser qu'il s'agit en fait d'une migration, exactement comme une reine qui forme un essaim pour aller créer une nouvelle colonie.

Donc pour résumer nous avons non loin de la Terre un vaisseau spatial en transit contenant un essaim d'aliens en migration, frappés d'une maladie, ils se retrouvent incapable de maintenir le vaisseau en marche très longtemps.
Pas assez longtemps pour rejoindre leur but, se trouvant encore à 3 ans de voyage dans l'espace.
Les chefs décident alors de rejoindre le système solaire le plus proche pour essayer de trouver de l'aide ou quelques ressources ou encore un endroit ou vivre le temps de recevoir des secours ou de réparer.
Visiblement à l'arrivée sur Terre, les aliens responsables du groupe ont compris le danger de se poser sur un monde habité et ne savaient quoi faire.
Lorsque les terriens on pénétré dans le vaisseau, ils les ont laissé évacuer les ouvriers malades sur Terre et sont descendus discrètement dans des navettes avec du matériel et des armes pour se mêler aux ouvriers et essayer d'en reprendre le contrôle, scellant le vaisseau pour éviter que les humains n'en prennent possession.
Mais après 20 ans et vu que les terriens ont eu une attitude agressive et répressive, laissant les ouvriers dans la misère, ils ne sont jamais parvenu à les soigner.
On peut penser qu'il y a eu des conflits entre les chefs durant ces années sur la façon de résoudre le problème et que leurs ressources et armes ont été dispersées.
Il aura fallu 20 ans à Christopher, visiblement le capitaine du vaisseau, pour rassembler le fluide dont il avait besoin pour remettre en route sa navette et rejoindre le vaisseau mère en vue de retourner sur sa planète chercher des secours pour évacuer ses semblables de la Terre.

Le film étant monté comme un faux documentaire, mêlé de scène de film classiques pour la deuxième partie, il laissait de nombreux trous ou zone d'ombre sur ce qui s'est passé et c'est très bien ainsi.
Mais en même temps il sème toute une série d'indices qui si on les analyse donnent une explication très vraisemblable.

On pourrait imaginer qu'ils venaient bien coloniser la Terre, mais que pendant le voyage quelque chose à foiré.
Ce qui expliquerait toutes ces armes embarquées.

On pourrait aussi imaginer qu'il s'agit d'un vaisseau de guerre qui a subit des dommages lors d'une bataille et qui s'est réfugié sur Terre pour échapper à ses poursuivants.
Vu l'agressivité extraordinaire, la résistance et le peu d'intelligence des aliens, on peut imaginer qu'il s'agit de guerriers qui ont perdu le lien avec leur commandement. Un peu comme les termites.
On pourrait imaginer que leurs adversaires ont découvert leur point faible et réussit à isoler les guerriers bas de plafond de leurs commandants par une sorte de virus.
Arrivés sur Terre les dirigeant ont débarqué avec le matériel, ont laissé les terriens se débrouiller avec les idiots et ont largué tout un équipement de guerre pensant pouvoir reprendre le contrôle des guerriers plus tard et nous mettre la pâtée!

Je pense plutôt que ce doit être un vaisseau de colonisation... Ou à l'inverse, un vaisseau quittant une colonie pour retourner sur la planète capitale. Je suppose qu'ils ont du partir un peu "précipitamment" en emmenant le stricte nécessaire et en s'entassant dans un vaisseau un peu vétuste... Et manque de bol ils ont dû tomber en rade (de carburant ?) et je suppose que cet évènement devait être conjugué à des dissensions à bord, peut-être dû au manque de nourriture embarqué.
Au final les aliens se sont retrouvés crevant la dalle et en rade sur une planète inconnue, avec en plus une lutte intestine au niveau du commandemment... Ajoutez à ça le drogue (la pâtée pour chat ) et vous obtenez une bande d'épaves qu'on entasse dans un bidon ville.

Et je pense comme Simon pour les armes : elles sont peut-être tombées du vaisseau.

C'est probablement un vaisseau de colonisation ou un transport de troupes parce qu'on apprend qu'il y avait plus d'un million d'aliens en très mauvais état à l'intérieur.
La raison pour leur problème peut être une panne, ou une attaque ou une épidémie qui s'est déclarée à bord. Peut-être sont ils partis justement parce qu'il étaient malades et ont cherché à rentrer chez eux pour trouver de l'aide.
C'est ce qu'ils disent dans la bande annonce, "Tout ce qu'on veut c'est rentrer chez nous".
On peut imaginer qu'en chemin la situation s'est agravée, les chefs ont perdu le contrôle de la situation est toute la partie habitation du vaisseau est devenu un vrai bordel.

Moi ce qui m'a le plus gêné, c'est le fait que ce vaisseau survole la ville depuis 28 ans et qu'il semble abandonné, pas d'équipe de recherche à bord!! Il me semble que c'est la première chose que je ferais si un vaisseau comme celui-ci arrivait au lieu de simplement bricoler avec quelques petites armes individuelles.
La réponse doit être que seule une partie du vaisseau a pu être explorée, la partie habitée par les malades.
Je pense que le reste est resté inviolé, protégé par des blindage qu'on n'a pas pu perforer ou des défenses incontournables.
Alors on a abandonné en attendant de mieux comprendre leur technologie en se basant sur ce qu'on a retrouvé au sol.

Pour les armes c'est clair que les humains n'ont pas laissé débarquer les aliens avec armes et bagages. Si ils ont des armes c'est qu'elle sont venues du vaisseau après coup.
Elles ne sont pas "tombées" du vaisseau, mais les chefs descendus en navette au sol on du faire parachuter du matériel divers à distance.
Je pense que leur but premier était de se regrouper une fois soignés, de réunir armes et matériel et de négocier avec les humains pour obtenir de quoi continuer leur voyage.
Mais comme sur Terre personne n'a pu ou voulu les soigner, ils sont resté handicapés mentalement, ont été traités comme des animaux et tout le plan a foiré.